Pitanje:
Kada BLAST ne uspije poravnati 2 DNA sekvence?
ablmf
2011-12-17 01:07:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ovo je zadatak koji me dugo zbunjivao. Pa mislim da bi vas momci koji studirate računalnu biologiju mogli zanimati. Izvorno je pitanje:

Pronađite dvije najsličnije DNA sekvence duljine 20 koje Blast pomoću riječi duljine 5 neće uspjeti poravnati.

Dva odgovori:
#1
+14
user59
2011-12-17 01:56:42 UTC
view on stackexchange narkive permalink

BLAST djeluje tako što pronalazi savršeno podudaranje između nizova duljine jednake ovoj "duljini riječi", a zatim je uvećava na standardni način - no neće biti poravnanja bez ove savršeno usklađene riječi.

Dakle, u vašem slučaju morate potražiti dvije sekvence od 20 bp bez zajedničke podsljedice od 5 bp; na primjer:

  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  

i

  AAAACAAAACAAAACAAAAC  
Da, ovo je standardni odgovor. Ali imajte na umu da BLAST drugačije djeluje s proteinima. Zbog toga me neko vrijeme zbunjivalo.
Je li "duljina riječi" == k-tuple?
@StudentT Upravo k u k-tupleu.
#2
-1
user1503
2012-10-08 02:18:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nisam siguran da dobro razumijem BLAST.

Kada se BLAST koristi u DNA i proteinima, oni se razlikuju. Postoji prag T u koraku "zasijavanja" bjelančevina, što znači da slijed sjetve nije u potpunosti usklađen. Međutim, čini se da u koraku sjetve nema T i mi tražimo savršeno podudaranje i proširimo ih na susjedni slijed.

Dakle, ako između ove 2 sekvence ne postoji točna podudarnost duljine 5 riječi, BLAST neće uspjeti.

Bojim se da ne razumijem što ovdje pokušavaš reći. Možete li pojasniti?


Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...