Pitanje:
Koliko ljudskih bjelančevina ima riješenu 3D strukturu?
Gergana Vandova
2011-12-23 10:27:46 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Pitao sam se koliko ljudskih bjelančevina ima riješenu 3D strukturu. Postoji li baza podataka samo s ljudskim proteinima? Pogledao sam pdb, ali nisam uspio pronaći filtar.

Mislim da ćete imati puno problema s redundantnošću, pogotovo ako želite znati broj jedinstvenih proteina.
@GWW Pretpostavljam da se pisanjem male skripte može riješiti suvišnosti.
Možda ćete imati više sreće postaviti ovo pitanje na [biostar] (http://biostar.stackexchange.com).
Primijetite da je "riješeno" vrlo subjektivno. Nisu sve strukture visokokvalitetne, a neke su jednostavno netočne zbog eksperimentalnih pogrešaka.
Ovo je vrlo predmetno pitanje iz dva razloga: Protein Databank prihvaća NMR i kristalne strukture proteina koji nude različite stupnjeve razlučivosti i točnosti. Te su strukture također donekle subjektivne jer protein može usvojiti različite konformacije, ovisno o relevantnom biološkom kontekstu. Treće, ekstrakcija otapala može nametnuti pogrešnu strukturu.
mnogi od ovih proteina imaju samo dvije domene riješene kao strukture. životinjski proteini su na taj način tvrdi. tu ovo pitanje postaje malo teško imho.
četiri odgovori:
#1
+19
Michael Kuhn
2011-12-23 17:17:45 UTC
view on stackexchange narkive permalink

6405 proteina koji se mapiraju na 5220 gena, prema Ensembl.

U Ensemblovom BioMartu možete odabrati PDB ID kao vanjsku referencu. Izvezite rezultate i prebrojite jedinstvene proteine ​​/ gene koji imaju PDB ID.

#2
+12
Aleksandra Zalcman
2012-01-15 06:06:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

PDB dobar je resurs za odgovaranje na takva pitanja jer će vam omogućiti filtriranje rezultata po mnogim dodatnim parametrima. Za brojanje i izdvajanje 3D struktura ljudskih bjelančevina:

  1. Otvorite karticu Advanced za pretraživanje na PDB web mjestu.
  2. Odaberite Biologija kod> -> Izvorni organizam s izbornika.
  3. Upišite Homo sapiens (čovjek) .
  4. Suvišnost možete smanjiti provjeravanjem Ukloni slične sekvence na n% identiteta u nastavku.
  5. Pošaljite upit.

Da biste dodali daljnje filtre, kliknite Refine Query with Napredno pretraživanje . Tamo možete izvući strukture prema datumu taloženja, kvaliteti (npr. Rezoluciji ili R-faktorima za strukture riješene difrakcijom X-zraka), ligandima, klasifikaciji enzima itd. (Provjerom Dodaj kriterije pretraživanja )

Potraga za ljudskim proteinima uklanjanjem homologa s 90% -tnim identitetom određuje 7117 struktura. Broj visokokvalitetnih struktura X-zraka proteina (rezolucija < 2,5A) trenutno iznosi 3964 (s istim presjekom identiteta).

Zatim možete preuzeti dohvaćeni popis ili stvoriti prilagođena izvješća (izbornici u nastavku).

Dobar alat (koji PDB također koristi) za generiranje nepotrebnih skupova podataka o proteinima je cd-hit.

#3
+3
GWW
2011-12-23 10:45:18 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Iz vaših komentara ne čini se da ste negativni prema pisanju nekih prilagođenih skripti, pa bi jedna od mogućnosti bila iskoristiti bazu podataka NCBI Structure. Možete ga filtrirati prema organizmu, a zatim rezultate preuzeti kao tekstualnu datoteku / XML. Ako vam je potreban pristup neobrađenim PDB podacima, tada možete preuzeti PDB arhivu i ispitati one na vašem filtriranom popisu.

#4
  0
PDB annotator
2015-04-19 10:53:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Novi sustav pretraživanja PDBe osmišljen je da odgovori upravo na takva pitanja http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/search/index?organism_synonyms:HUMAN&view=macromolecules

pokazuje da u PDB-u postoji 6964 jedinstvene ljudske makromolekule sa strukturnim podacima.

Naravno, mnogi će biti fragmenti proteina, a ne cijela molekula.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...