Pitanje:
Naizmjenični genetski kodovi u novo sekvenciranim organizmima
Daniel Standage
2011-12-22 11:35:08 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Varijacije standardnog genetskog koda prilično su rijetke, ali kako troškovi sekvenciranja genoma velike propusnosti i dalje padaju, veća je mogućnost otkrivanja dodatnih iznimaka. To je rečeno, u genomskim projektima je jasan naglasak na sekvenciranju nukleotida (genoma i transkriptoma), uz puno manje (ako uopće ima) napora uloženog u proteomički rad (ispravite me ako tu griješim).

Pretpostavimo da sekvenciramo genom novog organizma i da se u potpunosti usredotočujemo na sekvenciranje genoma i transkriptoma - bez proteomike. Pretpostavimo također da ovaj organizam ima male razlike u odnosu na standardni genetski kod. Bi li bilo moguće potpuno pogrešno označiti ovaj genom (za gene koji kodiraju proteine) jer softver za predviđanje gena ne uzima u obzir ove varijacije ili bi to bilo prilično očito? Što biste očekivali vidjeti u ovom slučaju?

Vaše je pitanje vrlo nejasno. Možete li biti konkretniji i / ili konkretniji? Postoji desetak tehnologija sekvenciranja i još više varijacija genetskog koda.
Možda neodređenost dolazi iz činjenice da ne znam što bih mogao očekivati ​​ako bih pokušavao anotirati genom organizma koji koristi zamjenski genetski kod. Moje osnovno pitanje je: bih li uopće mogao reći? Nije li to jasno iz izvornog pitanja?
Mislim da je to jasno pitanje.
Tri odgovori:
#1
+6
chkuo
2012-01-06 00:34:08 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ako organizam koristi alternativni kod, predviđene proteinske sekvence uvijek bi uključivale istu vrstu pogrešaka zamjene aminokiselina. Ovaj bi obrazac trebao postati očit kada usporedite proteine ​​s drugim organizmima. U stvarnosti, najčešći alternativni kod koristi UGA za triptofan umjesto uobičajenog zaustavljanja. Ako pogriješite upotrebljavajući standardni kod za ove genome, predviđeni geni postat će jako fragmentirani pa je gotovo nemoguće ne primijetiti.

#2
+3
KAM
2011-12-22 19:45:44 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ispravno je da ste malo zabrinuti, posebno s genomima mitohondrija (gdje su nestandardni genetski kodovi zastupljeniji). Uz upotrebu nestandardnih kodova, trebali biste razmotriti i uređivanje RNA (promijenjene kodone ili izbrisane / umetnute nukleotide za pomicanje okvira čitanja) i posebne aminokiseline (npr. Selenocistein). Sve skupa, naglasak na DNA sekvenci da bi se zaključilo o strukturi proteina sigurno je u većini slučajeva, ali nemojte se iznenaditi razlikama (za određene gene ili za cijele organizme).

#3
+2
Thomas Ingalls
2011-12-22 13:09:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kratki je odgovor da, mogli biste imati puno pogrešaka. Pogledajte ovdje za više detalja:

NCBI: "Genetski kodovi"



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...