Pitanje:
Koji su ograničavajući čimbenici duljine introna?
Michael Kuhn
2011-12-15 14:36:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Za predviđanje gena iz sekvenciranog genoma, morate postaviti maksimalnu duljinu introna. Koliko dugo introni mogu ući u životinje? Postoji li neko ograničenje?

Ne znam o maksimalnoj duljini, ali pretpostavljam da su za minimalnu veličinu mehanička svojstva DNA ograničavajući čimbenici. Pod određenom veličinom, DNA je jednostavno previše kruta da bi stvorila petlje potrebne tijekom spajanja.
Dva odgovori:
#1
+8
KAM
2011-12-22 23:33:31 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Mislim da su gornje vrijednosti (500-750 kb) pogrešne. http://www.bioinfo.de/isb/2004040032/ pokazuje da je većina introna manja od oko 10 kb (a osobno iskustvo u Drosophili potvrđuje da - rijetko sam vidio intron veći od oko 5 kb). Postoje neke vrlo velike, ali budući da je gotovo nemoguće otkriti reakciju spajanja, posebno ako su vrlo velike, nije jasno jesu li spojene kao jedan VELIKI intron ili su umjesto toga rekurzivno spojene (u malim koracima, kao u http://www.genetics.org/content/170/2/661.full.pdf+html). Mislim da je sigurno reći da ne znamo koliko dugo mogu biti najveći introni.

#2
+6
GWW
2011-12-16 13:38:07 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ako pregledate ljudski genom, ~ 99% introna ima manje od 500 kb. Pretpostavio bih da je ograničenje između 250 kb - 500 kb razumno za predviđanje gena. Možete pogrešno predvidjeti pravilnu strukturu malog broja gena koji imaju te vrlo velike introne, ali to bi trebao biti mali broj. Nadalje, najpopularniji poravnavači sekvenci imaju tendenciju postavljanja ograničenja duljine introna između 500 kb i 750 kb.

Samo imajte na umu da možete povećati broj lažno pozitivnih introna koje detektirate ako postavite ovo ograničenje na visoko. Stoga bi moglo biti korisno isprobati nekoliko postavki i procijeniti rezultate.

UREDITI:

Pretpostavljam da su veći introni sisavcima ograničeni iz dva razloga

  • Spliceosomima je teže pravilno akcizirati. Spliceosom je možda smanjio sklop na odgovarajućim mjestima spajanja 5 '/ 3' i mjestu odvojka. Također postoji veća vjerojatnost da će na intronu postojati mjesta za spajanje varalica / mamaca.
  • Povećavaju vrijeme potrebno za transkripciju gena


  • Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
    Loading...