Pitanje:
Kako smanjiti rubne efekte u eksperimentima visoke propusnosti koji se temelje na stanicama?
Vebjorn Ljosa
2011-12-15 03:32:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

U eksperimentima velike propusnosti gdje se stanice uzgajaju, obrađuju, boje i slikaju na mikropločama s 384 jažice, često vidim značajne rubne efekte. Na primjer, sljedeća grafika prikazuje broj stanica (izmjereno CellProfiler sa slika) za svaku jažicu na takvoj ploči:

Example of edge effects

Kako mogu li smanjiti ove učinke? Mogu ih pokušati statistički ispraviti, ali bilo bi toliko ljepše smanjiti ih u fazi mokrog rada.

Jedan odgovor:
#1
+12
Vebjorn Ljosa
2011-12-15 03:42:57 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Lundholt i sur. opisuju vrlo jednostavan trik: pustite da se ploče smjeste na zraku na sobnoj temperaturi nekoliko sati prije nego što ih stave u inkubator. Isprobali smo i premda su ljestvice boja različite u sljedećim crtežima, lako je vidjeti da to zaista pomaže:

Transferred directly to incubator Left out for 1 h Left out for 2 h

(Zahvaljujući Sigrunu Gustafsdottiru i Kate Madden na ispitivanju.)

Vidio sam kako neki ljudi "nabijaju" tanjur koristeći samo 308 unutarnjih bušotina i puneći 76 rubnih bušotina samo tekućinom, ali nemaju podatke o tome koliko dobro to funkcionira.

Allison Tanner iz Corninga je prikupila zbirku tehnika za smanjenje pojave nepravilnih uzoraka prianjanja stanica ili "efekta ruba" na mikropločama . Brifly je rezimirao:

  1. Izbjegavajte stvaranje mjehurića u mediju prilikom sjetve stanica.
  2. Koristite metode sakupljanja stanica koje potiču odgovarajuće miješanje stanica u mediju i potpunu disocijaciju jednoslojnog sloja u pojedinačne stanice.
  3. Sjemene stanice s gustoćom koja će podržavati vezivanje i rast.
  4. Omogućiti da se vezivanje stanica dogodi u medijima odgovarajuće formulacije za određeni tip stanica.
  5. Dajte stanice u odgovarajući volumen medija.
  6. Slijedite stroge aseptične tehnike u skladu s uvaženom mikrobiološkom praksom.
  7. Kulture treba rutinski nadgledati zbog onečišćenja mikoplazmama.
  8. Minimizirajte ulaz u inkubatore kako biste pomogli smanjiti fluktuacije u unutarnjem okruženju.
  9. Omogućite stanicama da se slegnu u mikroploče dok su mikroploče na stolu.
  10. Kulture stanica u okruženju koji smanjuje stvaranje statičkih električnih naboja.


Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...