Pitanje:
Alternative etidij-bromidu za bojanje malih nukleinskih kiselina?
Mad Scientist
2012-01-03 21:35:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Iako etidij-bromid dobro djeluje za bojanje većih jednolančanih RNA ili dvolančanih molekula DNA, manje nukleinske kiseline ne boji dobro. Primijetio sam da je oko 20 baza i ispod jednolančane nukleinske kiseline teško vidjeti kod bojenja EtBr, osim ako su nukleinske kiseline visoko koncentrirane.

Koje su dobre alternative za promatranje malih nukleinskih kiselina u poliakrilamidnim gelovima? Glavna briga bila bi jednostavnost upotrebe, a to bi trebalo biti moguće bez neobične opreme.

Dva odgovori:
#1
+8
harpalss
2012-01-04 00:16:23 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Popis boja dostupan je ovdje, a popis boja specifičnih za nukleinske kiseline ovdje. Mislim da imate dva izbora SYBR Gold gel nukleinskokiselinske gelne mrlje (S11494) koja se može otkriti pod UV svjetlom (nisam siguran može li se koristiti s poliakrilamidnim gelovima). Vaša druga opcija koja se može koristiti s poliakrilamidnim gelovima je SYBR Green II RNA gel mrlja (S7564, S7568, S7586), a ta se mrlja može otkriti post-elektroforezom UV svjetla. U nazivu navodi RNA, ali se također može koristiti za ssDNA.

Nadam se da ovo pomaže

#2
+7
bobtheowl2
2012-01-04 07:44:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Mislim da bi i GelRed ili GelGreen bili opcija. Tvrde da su osjetljiviji od EtBr i sigurno manje toksični (čak i više od SYBR Green). Ipak ih osobno nisam koristio protiv tako malog bp proizvoda. GelRed u osnovi ima iste valne duljine pobude / emisije kao EtBr, tako da nije potrebna promjena opreme.

List proizvoda

Poveznica na trgovinu

Čuo sam nekoliko ljudi kako se žale kako je GelRed manje osjetljiv od EtBr-a. Također, zanimljiv post na blogu o toksičnosti EtBr i SYBR Green: http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html.
Zanimljiv. Nisam napravio usporedbu pa ne mogu govoriti ni na jedan ili drugi način. Ali sjećam se da sam sličan članak negdje unatrag rekao nešto slično (EtBr nije toliko loš kao što mislite, a SYBR Green stvarno nije "sigurnija alternativa" kao što se reklamira).
Ne postoji "sigurna" fluorescentna mrlja od DNA. Boja djeluje interkalirajući nukleotide u DNA i tamo ostaje. Ako se taj segment DNA kasnije kopira ili pročita, to će uzrokovati pogreške. Osim toga, jedna molekula EtBr interkalira u prosjeku, između jednog od tri nukleotida (1 baza EtBr / 3). Jačina signala za EtBr ili druge boje izravno je proporcionalna masi i duljini DNA.


Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...