Pitanje:
Kako se određuju granice gena?
ghchinoy
2011-12-19 22:16:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Koje statističke procese i metode koriste genetičari / molekularni biolozi da bi znali gdje jedan gen započinje, a koji završava?

Na što se odnosi "osnovna" oznaka?
Mislio sam da je to pitanje više od temeljnog za postavljanje skupine, pa sam ga označio _basic_. Ako to nije protokol, slobodno ga uklonite.
@ghchinoy: Ponovno sam ga označio, pretpostavljajući da je to [meta tag] (http://blog.stackoverflow.com/2010/08/the-death-of-meta-tags/) (premda _je_ pitanje o parovima baza)
Samo da pojasnim: ovdje govorimo o * genima koji kodiraju proteine ​​*, zar ne? Mnogo je više kod kojih su metode potpuno različite.
@KonradRudolph, možete li se možda pozvati na druge tipove i metode gena? Hvala.
@ghchinoy Samo kao primjer, trenutno radim na tRNA genima, a budući da oni koriste drugu polimerazu, njihov promotor i terminalno mjesto izgledaju znatno drugačije. Isto vrijedi i za sve ostale nekodirajuće RNA, a tu su i stvari poput pseudogena i LINE / SINE (oni se obično ne smatraju genima, ali zbog sličnosti s nekodirajućim RNA genima kompliciraju analizu). Ipak, zapravo postoje bioinformatičke metode za pronalaženje tih gena. Koliko znam, pretežno koriste motiv za pretraživanje.
četiri odgovori:
#1
+12
agrimaldi
2011-12-20 00:02:46 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Znam samo jedan naivan pristup određivanju granica gena: RACE-PCR. Postoje dvije vrste, 3 'i 5' RACE, koje omogućuju pronalazak odgovarajućih ekstremiteta.

Obrazloženje je sljedeće:

  • Izvodite obrnuto transkripcija prijepisa od interesa pomoću određenog početnika. U ovom koraku imate specifičnu jednolančanu cDNA.

  • Zatim u 5 'cDNA dodate dio identičnih nukleotida koji se naziva homopolimerni rep.

  • Napokon provodite PCR koristeći jedan specifični primer i jedan univerzalni primer koji prepoznaju homopolimerni rep. Možete pojačati svoju pojačanu cDNA i pronaći gdje se nalazi u genomu s razlučivošću od 1 bp.

Za 3'RACE koncept je isti, ali koristi se poly-A rep umjesto da ga sami generirate terminalnom transferazom.

Pogledajte ovaj rad za detaljan protokol:

Sambrook J, Russell DW . 2006. Brzo pojačavanje 5 ’cDNA završava (5'-RACE). CSH protokoli 2006.

Također, odgovarajući članak o wikipediji daje vam više detalja o tome što se događa u svakom koraku, ali imajte na umu da postoji pogreška: je rekao da za 5'RACE terminalna transferaza dodaje homopolimerni rep za 3 ', dok ga dodaje za 5'

-1: to bi mogao biti dobar pristup da se vide granice ORF-a (da budem iskren, nije vam uvijek potrebna RACE, može funkcionirati i jednostavna PCR), a ne gena. Što je s promotivnim i regulatornim elementima? Također, koja je prednost u usporedbi s, recimo, pristupom bioinformatike nakon sekvenciranja?
@nico: dakle, s definicijom koju navedete, gen nema granica.
@nico: Ok, vidim vašu poantu, ali mislim da OP nije imao na umu ovu definiciju gena. Također, potpuno se slažem da vam nove tehnologije poput RNA-seq daju cjelovitiji odgovor za označavanje genoma.
možemo satima razgovarati o ispravnoj definiciji gena, ali mislim da se nema puno o čemu raspravljati o činjenici da je promotor dio gena. A retrotranskripcijom mRNA ne dobivate promotor.
#2
+8
Gergana Vandova
2011-12-20 00:20:29 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Postoji razni softver u koji možete unijeti svoju sekvencu (recimo cijelu sekvencu genoma) i on vam može identificirati navodne otvorene okvire za čitanje (ORF), tj. početne kodone i zaustavne kodone. Zatim, pomoću ovih navodnih gena, možete poravnati sekvence pomoću BLAST-a, a zatim, na temelju rezultata, možete potvrditi da su to stvarno ORF-ovi. Kako je ovo statistički pristup, svoje rezultate možete provjeriti u mokrom laboratoriju, kao što je predložio agrimaldi.

Ali * kako * taj softver određuje granice gena? Što traže, što ukazuje na granicu gena?
Možda bi trebalo započeti još jedno pitanje o tome koje se programske tehnike koriste? Možda s bioinformatičkom oznakom.
@RichardSmith U osnovi traže početne kodone (ATG, GTG) koji definiraju početak otvorenog okvira za čitanje (ORF) i zaustavne kodone (TAG, TAA, TGA), koji definiraju kraj ORF-a, i također provjeravaju li broj baza između početnog i zaustavnog kodona djeljiv je sa 3.
@ghchinoy Da, to bi moglo biti zanimljivo, ali mislim da nije složenije nego što sam već objasnio Richardu. Možete naravno dodati još nekoliko "provjera" koje softver može učiniti, poput duljine ORF-a.
#3
+6
KAM
2011-12-24 18:28:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ako je vaš cilj definirati granice transkripcijske jedinice (dio DNK koji se transkribira), gornji je odgovor točan, iako mnogi ljudi samo koriste homologiju kloniranih cDNA, a ne RACE reakcije. Prednost ovog pristupa je u istodobnom definiranju alternativnih oblika spajanja.

Ako vam je cilj definirati "krajeve" gena, to se može učiniti samo empirijski i funkcionalno jer kontrolni elementi (granice pojačivače itd.) nemoguće je prepoznati pomoću informatike, pa čak i ako netko pronađe pojačivače, nije sigurno da se ti pojačivači koriste sa određenim genima. Neki geni mogu biti milijuni parova baza, pa su stotine drugih gena prošarane. "Zlatni standard" za definiranje granica gena je spašavanje fenotipa gubitka funkcije mutacije s transgenom koji sadrži gen koji nas zanima. Ako DNA koja se transformira natrag u organizam može oporaviti stanje divljeg tipa mutacije gena, pretpostavlja se da su svi važni dijelovi tog gena unutar transgena.

#4
+3
AnnaF
2011-12-19 23:04:57 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Općenito govoreći sekvencirate genom, a zatim tražite tragove. Obično postoje određene sekvence koje prethode genu koje pomažu translacijskoj opremi da znaju "zdravo, ovdje počinjemo", kao i regije u kojima se proteini mogu vezati, a koji se koriste za pojačavanje ili inhibiciju translacije gena.

Računala može se programirati za pretragu kroz niz i pokretanje mogućih kandidata da ih ljudi pažljivije pogledaju.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...