Pitanje:
Zašto je bilo tako teško dekodirati genom kukuruza?
Gabriel Fair
2011-12-24 11:52:25 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Moji su mi učitelji tijekom odrastanja rekli da je nemoguće dekodirati genom kukuruza. Ali ipak je učinjeno.

Zašto je dekodiranje genoma bilo toliko značajno i što ga je toliko otežalo?

Ako se dobro sjećam: ogroman je i ima puno regija koje se ponavljaju. Vrlo je teško precizno slijediti ponavljanja * de novo * s velikom vjernošću.
Dva odgovori:
#1
+23
Damian Kao
2011-12-24 12:48:36 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kratki je odgovor da je genom kukuruza velik i ima ogromnu količinu dupliciranja. Ponavlja se oko 80% genoma. Teško je sastaviti genome s velikom količinom duplikata, jer naša tehnologija sekvenciranja, u najboljem slučaju, može dati ~ 500 baznih parova. Otkrivanje redoslijeda dupliciranih regija oslanja se na sekvence skela ili usporedni sklop s genomom riže.

#2
+9
chkuo
2012-01-06 00:13:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Zašto je dekodiranje genoma bilo toliko značajno? jer dekodiranje genoma daje nam cjelovitu sliku genetskog sastava organizma.

Što ga je toliko otežalo ? Glavni su problem ponavljajući redoslijedi koje su spomenuli drugi ljudi. Imaging pokušavate ispuniti veliku zagonetku s milijunima dijelova. Svaki komad predstavlja čitanje u nizu koje smo dobili iz eksperimenta. Ako u genomu postoje ponavljajuće sekvence, dijelovi koji predstavljaju te regije izgledali bi vrlo slično (ili čak potpuno identično). Nesumnjivo bi to zagonetku jako teško dovršilo. Da bi se dobila skala, genom kukuruza je ~ 2,3 milijarde baznih parova, a svako očitavanje sekvenciranja iznosi <1.000 baznih parova.



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...