Pitanje:
Kako mogu normalizirati uzorke mRNA za sekvenciranje?
719016
2012-04-30 15:47:22 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Postoji li jednostavan, jeftin i ne previše radno zahtjevan način za normalizaciju uzoraka mRNA, tako da iako se gube podaci o razinama ekspresije gena, svaki od transkripata u transkriptomu jednako je zastupljen u uzorku za sekvenciranje? To će reći, jedan ima jednoliku raspodjelu prijepisa, tako da slabo izraženi prijepisi i dalje imaju dobre šanse za sekvenciranje.

Vidio sam nekoliko radova koji spominju protokole za normalizaciju mRNA, ali ne mogu reći je li netko od njih praktičan u stvarnim situacijama u mokrim laboratorijima.

Jedan odgovor:
719016
2012-05-01 13:11:31 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ovdje sam pronašao vezu do komercijalnog proizvoda tvrtke Evrogen: http://www.evrogen.com/technologies/normalization.shtml

Tvrde da je njihova metoda kompatibilna s platformama za sekvenciranje nextgen:

normalizacija cDNA upotrebom dupleks-specifične nukleaze (DSN) vrlo je učinkovit pristup koji se može primijeniti za normalizaciju cDNA obogaćene cijelom dužinom (Zhulidov i sur., 2004. ; Zhulidov i sur., 2005.). Rezultirajuća cDNA sadrži izjednačeno obilje različitih transkripata i može se koristiti za izgradnju biblioteka cDNA i za izravno sekvenciranje, uključujući visokopropusno sekvenciranje na platformama za sekvenciranje sljedeće generacije (Roche / 454, ABI / SOLiD ili Illumina / Solexa).

A čini se da je najsuvremenija referenca ovaj Curr Protoc Mol Biol. rad Bogdanova i suradnika: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20373503



Ova pitanja su automatski prevedena s engleskog jezika.Izvorni sadržaj dostupan je na stackexchange-u, što zahvaljujemo na cc by-sa 3.0 licenci pod kojom se distribuira.
Loading...